序列组装质量控制检测（Contig评估）

信息概要

序列组装质量控制检测（Contig评估）是基因组学研究中的重要环节，旨在评估组装后的序列（Contig）的质量、完整性和准确性。该检测服务由第三方检测机构提供，确保数据符合科研或临床应用的标准。通过Contig评估，用户可以识别组装中的错误、缺口或重复区域，从而优化后续分析流程。高质量的Contig评估对基因组注释、比较基因组学及功能研究具有关键意义。

本检测服务涵盖多个参数和方法，适用于各类基因组组装项目，包括微生物、动植物及人类基因组。检测结果可为研究者提供可靠的数据支持，助力科研突破。

检测项目

• Contig总数
• Contig平均长度
• Contig N50值
• Contig L50值
• 最大Contig长度
• 最小Contig长度
• GC含量分布
• 序列重复率
• 缺口（Gap）数量
• 缺口长度分布
• 错误碱基率
• 组装一致性评估
• 覆盖度均匀性
• 嵌合体检测
• 污染序列筛查
• 编码基因完整性
• 非编码区域评估
• 串联重复序列分析
• 单核苷酸多态性（SNP）检测
• 插入缺失（Indel）检测

检测范围

• 微生物基因组组装
• 植物基因组组装
• 动物基因组组装
• 人类基因组组装
• 宏基因组组装
• 病毒基因组组装
• 真菌基因组组装
• 古菌基因组组装
• 质粒基因组组装
• 线粒体基因组组装
• 叶绿体基因组组装
• 转录组组装
• 全长转录本组装
• 单细胞基因组组装
• 癌症基因组组装
• 环境样本基因组组装
• 杂交基因组组装
• 多倍体基因组组装
• 表观基因组组装
• 合成基因组组装

检测方法

• 序列比对：将Contig与参考基因组比对，评估准确性
• K-mer分析：通过K-mer频率检测组装完整性
• 覆盖度分析：评估测序深度均匀性
• 缺口检测：识别组装中的未覆盖区域
• 错误校正：修正组装中的碱基错误
• 嵌合体筛查：检测错误连接的序列
• 污染分析：排除外源DNA污染
• 重复序列注释：标记重复区域
• 基因预测：评估编码区域完整性
• SNP/Indel检测：识别变异位点
• 保守性分析：比对近缘物种评估保守性
• 物理图谱验证：通过光学图谱验证组装
• PCR验证：针对特定区域进行实验验证
• 三代测序校正：利用长读长数据优化组装
• 机器学习评估：通过算法预测组装质量

检测仪器

• Illumina NovaSeq
• Illumina HiSeq
• Illumina MiSeq
• PacBio Sequel
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore MinION
• Oxford Nanopore GridION
• Oxford Nanopore PromethION
• BGI MGISEQ
• BGI DNBSEQ
• Ion Torrent S5
• Ion Torrent PGM
• ABI 3730xl
• BioAnalyzer
• Qubit Fluorometer